FIFOの場合、出荷依頼伝票登録時、ロットの指定は必要ですか

不要です。

在庫評価タイプをFIFOとした場合、自動でロット管理対象となります。入庫ロットをシステム的に管理するための項目のため、出荷指示書への出力には不要な項目となります。そのため、ロットの指定は不要とします。